Somente os gases nobres são normalmente encontrados na natureza como átomos isolados. A maior parte da matéria é composta por moléculas ou íons.
A molécula é reunião de dois ou mais átomos ligados firmemente entre si.
Compostos constituídos por moléculas são chamados compostos moleculares e contém mais de um tipo de átomos. Uma molécula de água por exemplo, é constituída de dois átomos de hidrogênio e um átomo de oxigênio, consequentemente é representada pela formula H2O. Outro exemplo de composto constituído desses mesmos elementos é a peróxido de hidrogênio, H2O2. As propriedades desses compostos são muito diferentes.
A maioria das substâncias moleculares contém apenas não metais.